Pekmez, besleyici değeri yüksek bir gıda olmasına rağmen, rengi koyulaştıkça potansiyel sağlık riskleri taşıyabilir. Pekmezin kaynatma ve saklama koşullarına dikkat edilmezse, kanserojen maddeler ortaya çıkabilir. Yüksek miktarda şeker ve protein içeren besinler fazla miktarda kaynatıldığında, esmerleşmesi söz konusu olur. Bu, Maillard reaksiyonu olarak tanımlanır. Isıl işlem sonucunda rengi koyulaşan tüm besin maddelerinde bu reaksiyonla kanserojen özelliğe sahip hidroksimetilfurfural (HMF) oluşur. Bu yüzden koyu pekmezin rengi koyulaştıkça HMF miktarı artar.

HMF oranı, besin maddesinin kalitesi ve sağlık açısından oldukça önemlidir. Pekmezin kalitesi HMF oranıyla değerlendirilir. Avrupa Birliği standartlarına göre kabul edilen HMF limitleri pekmezde 70 mg/kg değerindedir. Bu pekmezin dışında bal, meyve suyu, reçel gibi besinlerde de belli bir değer olmalıdır.

Pekmez bilinçsiz şekilde yüksek ısılarda kaynatıldığında, içeriğinde oluşan bu bileşikler sağlık açısından risk oluşturur. Bu şekilde ortaya çıkan serbest radikaller vücutta çeşitli hastalıkların tetiklenmesine neden olabilir. Bu yüzden pekmezde HMF sınırı aşılmamalıdır.

Düşük sıcaklıklarda üretilmiş olan pekmezlerin rengi koyulaşmadığından HMF oranı düşük, yüksek sıcaklıklarda üretilen pekmezlerin ise HMF oranı yüksek olduğundan rengi de koyu olur. HMF oranının düşük olması için, pekmezin vakumla üretilmesi uygun görülür. HMF oranının yüksek olması pekmezin türüne göre değil, tamamen pekmezin üretim yöntemine bağlı olarak değişir. Bu nedenle pekmez satın alırken renginin koyu olmamasına dikkat edilmelidir.

Pekmezde HMF oranının yüksekliği sadece üretim aşamasından kaynaklanmaz. Aynı zamanda direkt güneş ışığına maruz kalmış, bu şekilde depolanmış olan pekmezlerde de HMF oranı yükselebilir. Bu yüzden pekmezin hem üretim hem de depolama aşamalarına dikkat edilmelidir. Uygun şekilde üretilmeli, ambalajlanmalı ve saklanmalıdır. Evlerde bile pekmez açıldıktan sonra buzdolabında saklanmalıdır. Güneş ışığı alan yere konmamalıdır. Satın alırken koyu pekmez tercih edilmemelidir.

Koyu pekmez, doğru koşullarda üretilmediğinde ve saklanmadığında sağlığa zararlı HMF maddesi içerebilir. Bu nedenle, pekmezin rengi koyulaşmamış ve düşük HMF oranına sahip olanlarını tercih etmek, hem besin değerini korumak hem de sağlık açısından önemlidir.